توفّر المناطق الحرة العامة والخاصة مجموعة من الحوافز المميزة التي تهدف إلى جذب الاستثمارات وتعزيز حركة التجارة والصناعة، وتشمل السماح بدخول المواد الخام والمعدات دون رسوم جمركية، وتسهيل إجراءات الاستيراد والتصدير، كما توفر هذه المناطق بيئة أعمال متكاملة من حيث البنية التحتية والخدمات اللوجستية بما يسهم في رفع قدرة المشروعات على الإنتاج والتصدير وتعزيز تنافسيتها في الأسواق الإقليمية والدولية.
وفقًا لقانون الاستثمار رقم 72 لسنة 2017 وتعديلاته تُعد المناطق الحرة أحد النظم الاستثمارية المتميزة التي تقدمها الدولة لتشجيع المستثمرين، خاصة في الأنشطة التصديرية. وتُمنح هذه المناطق مجموعة من الحوافز والمزايا الفريدة، سواء على مستوى الضرائب أو الجمارك أو الإجراءات، وذلك على النحو الآتي:

لا تخضع المشروعات داخل المناطق الحرة وأرباحها للضرائب والرسوم السارية في مصر.

يجوز إقامة مشروعات في مجال تصنيع البترول، وصناعات الأسمدة، والحديد والصلب، وتصنيع وتسييل ونقل الغاز الطبيعي والصناعات كثيفة استخدام الطاقة بنظام المناطق الحرة

لا تخضع البضائع المُصدرة أو المستوردة للضرائب الجمركية والضريبية على القيمة المُضافة

لا تخضع البضائع المُصدرة أو المستوردة للقواعد الخاصة بالاستيراد والتصدير ولا للإجراءات الجمركية الخاصة بالصادرات والواردات.

تُعفى جميع الأدوات وآلات ووسائل النقل الضرورية من الضرائب الجمركية والضريبة على القيمة المُضافة.

يكون الاستيراد إلى داخل البلاد طبقاً للقواعد العامة للاستيراد من الخارج واستثناءً من ذلك يسمح بدخول النفايات الناتجة عن تلك الأنشطة إلى داخل البلاد بغرض التخلص منها.