تمنح المناطق ذات الطبيعة الخاصة حوافز مميّزة تستهدف دعم الأنشطة التي تتطلب ترتيبات تشغيلية أو بيئية خاصة، وتشمل توفير بنية تحتية مُصممة وفق احتياجات كل نشاط، وتخصيص مساحات عمل ملائمة بمعايير تشغيل عالية، بالإضافة إلى تسهيل إجراءات الترخيص والرقابة بما يتناسب مع خصوصية هذه المناطق.
تتمتع المناطق ذات الطبيعة الخاصة في مصر بالحوافز الخاصة المنصوص عليها في قانون الاستثمار رقم 72 لسنة 2017، هذا بالإضافة إلى حوافز ضريبية وغير ضريبية على النحو الآتي:

خصم 50 % من التكاليف الاستثمارية التي تحملها المشروع ولمدة 7 سنوات من البداية الفعلية للنشاط

توفر الهيئة العامة للمنطقة الاقتصادية لقناة السويس منفذ واحد لتقديم كافة الخدمات المتعلقة بتأسيس الشركات وخدمات ما بعد التأسيس بهدف سرعة إنهاء الإجراءات بأقل وقت ومجهود

إعفاء من ضريبة القيمة المضافة على السلع أو الخدمات التي تصدرها مشروعات المنطقة لخارج البلاد، وعلى السلع أو الخدمات التي يصدرها السوق المحلى لمشروعات المنطقة.

لا تخضع مشروعات المنطقة الاقتصادية للقوانين المُنظمة للاستيراد والتصدير، كما لا تخضع للقيد في سجل المستوردين أو المصدرين.

إعفاء مشروعات هذه المناطق من الضريبة الجمركية على الواردات من المعدات والآلات والمواد الخام وقطع الغيار اللازمة لتصنيع منتجات مخصصة للتصدير.

سداد الهيئة الاقتصادية جزء من تكلفة التدريب الفني للعمالة المصرية ًوفقاً للضوابط التي تحددها اللائحة، وبشروط محددة تمنح بشكل عام وعادل دون تمييز بين المشروعات المماثلة.