في إطار حرص الهيئة العامة للاستثمار والمناطق الحرة علي التبسيط والتيسير على المستثمرين قامت بإنشاء "وحدة الحوافز الخاصة" وفقًا لأحكام قانون الاستثمار رقم 72 لسنه 2017، وذلك في اطار حرص الهيئة على تفعيل منظومة الحوافز الخاصة لارتباطها المباشر بتحقيق التنمية في المناطق الأكثر احتياجًا، وزيادة معدلات الإنتاج وتوفير فرص العمل. هذا بالإضافة الي تحفيز الاستثمارات في المجالات والأنشطة والقطاعات والمناطق التي تخدم خطة التنمية الاقتصادية، وزيادة معدلات الإنتاج وتوفير فرص العمل، وتتبع هذه الوحدة الرئيس التنفيذي للهيئة مباشرة.
تختص وحدة الحوافز الخاصة باستلام الطلبات الخاصة بالحصول على هذه الحوافز من المستثمرين والقيام بمراجعتها وفحصها ولإصدار الشهادات الخاصة بالتمتع بها:

العمل على استلام طلبات التمتع بالحوافز الخاصة إنفاذاً لنص المادة رقم 11 من قانون الاستثمار رقم 72 لسنة ۲۰۱۷، والمادة رقم ۱۰ من لائحته التنفيذية

فحص طلبات الشركات والمنشآت للتمتع بالحوافز الخاصة والتأكد من جديتها واستيفاء المستندات المطلوبة، ومدى انطباق شروط تمتعها بالحوافز الخاصة الواردة بقانون الاستثمار

مراجعة موقف الشركات والمنشآت التي سبق تحديد تاريخ بدء نشاطها لدراسة مدى انطباق شروط تمتعها بها

اتخاذ الإجراءات اللازمة لاستصدار شهادة التمتع بالحوافز الخاصة ومتابعة منظومة عملها

اقتراح القواعد والإجراءات اللازمة بشأنها تمهيداً للتنفيذ الفوري لتلك المنظومة